Родился 26 апреля 1963 года в столице Узбекской ССР — городе Ташкенте.
С 1968 года живет в Подмосковье, в городе Долгопрудный.
Депутат Совета депутатов городского округа Долгопрудный Московской области. Основатель и президент Фонда «Институт региональных проектов и законодательства». Кандидат физико-математических наук (1988).
В 1979 году окончил Специализированную школу-интернат № 18 физико-математического профиля при Московском государственном университете имени М. В. Ломоносова (ФМШ № 18; ныне — Специализированный учебно-научный центр имени А. Н. Колмогорова МГУ)
В 1985 году с отличием окончил Московский физико-технический институт.
В 1985—1990 годах — инженер, научный сотрудник Всесоюзного научно-исследовательского центра по изучению свойств поверхности и вакуума.
С 1988 по 1990 годы — председатель кооператива «Интеграл».
В 1990—1992 годах — заместитель председателя городского Совета города Долгопрудного, в 1993—1997 годах — депутат городского Совета.
С октября 1991 года — член «Движения демократических реформ» (ДДР), член координационного совета ДДР Московской области.
С февраля 1992 года по 1994 год — начальник Управления методического и правового обеспечения Фонда имущества Московской области.
В 1993 году с отличием окончил Московский юридический институт.
Является автором ряда научных трудов, в том числе таких, как «Правовые и политические проблемы переходного периода» (1994), «Основы государства и права России» (1999).
В 1994—1996 годах — заместитель директора Института структурной и инвестиционной политики в Москве.
С 1996 года по 1997 год работал начальником юридического управления ОАО «Процессор».
В 1997—1998 годах — советник первого заместителя председателя Правительства Российской Федерации Бориса Немцова, помощник председателя Правительства Российской Федерации Сергея Кириенко.
В 1999 году организовал кафедру права Московского физико-технического института, которую возглавлял до 2016 года.
19 декабря 1999 года был избран депутатом Государственной думы III созыва по общефедеральному списку избирательного блока «Союз правых сил».
В 2004 году Надеждин вернулся к преподавательской работе в МФТИ.
C 6 ноября 2008 года по 2011 год — член Федерального политического совета партии «Правое дело».
На протяжении многих лет является экспертом рабочих групп, созданных в рамках деятельности Администрации Президента, Государственной Думы, Совета Федерации, Центральной избирательной комиссии, Общественной палаты.
Член Общественного научно-методического консультативного совета при Центризбиркоме (2010 – 2016), член Научно-экспертного совета при Центризбиркоме (2018 – 2020).
В 2023 году выдвинул свою кандидатуру на выборах губернатора Московской области от партии «Гражданская инициатива», но ему было отказано в регистрации из-за того, что он не смог собрать в свою поддержку необходимое количество подписей муниципальных депутатов.
Женат, отец четверых детей.
Заявил о готовности участвовать в выборах Президента Российской Федерации в 2024 году.