Родился 1 марта 1957 года в селе Новый Арыш Рыбно-Слободского района Татарстана.
В 1978 году окончил Казанский сельскохозяйственный институт, «инженер-механик». В 1986-м — Заочный институт советской торговли.
В 1978-1980 годах работал инженером-диагностиком Сабинского районного объединения «Сельхозтехника».
В 1980-1983 годах Минниханов работал энергетиком Сабинского леспромхоза.
В 1983-1985 годах — заместитель председателя правления Сабинского районного потребительского общества.
В 1985-1990 годах был председателем правления Арского райпо.
С 1990 года — председатель Арского райисполкома.
В 1992-1993 годах Минниханов — первый заместитель главы администрации Арского района.
В 1993-1996 годах работал главой администрации Высокогорского района республики.
В 1996-1998 годах — министр финансов Татарстана.
В 1998-2010 годах — премьер-министр Татарстана.
4 февраля 2010 года Государственный совет Татарстана утвердил Рустама Минниханова на посту президента республики. 24 марта 2015 года в связи с истечением срока полномочий Рустама Минниханова президент РФ назначил его врио руководителя республики.
В 2015 году он был избран президентом республики, получив 94,40% голосов. Был выдвинут «Единой Россией». Переизбрался 13 сентября 2020 года, получил 83,27% голосов. Баллотировался также от «Единой России».
Член президиума Государственного совета РФ, председатель комиссии по направлению «Строительство, жилищно-коммунальное хозяйство, городская среда». Член бюро высшего совета «Единой России». Член президиума Совета при президенте РФ по стратегическому развитию и национальным проектам. Председатель совета Ассоциации инновационных регионов России (АИРР).
Награжден орденами Дружбы, «За заслуги перед Отечеством» IV степени, Почета, Александра Невского , медалью П. А. Столыпина II степени. Имеет благодарности и почетные грамоты президента и правительства РФ, почетные грамоты президента и правительства РФ.
Лауреат премии правительства РФ в области науки и техники за разработку и реализацию комплексных региональных программ энергосбережения и энергоресурсоэффективности Республики Татарстан и города Москва.
Почетный профессор Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова.
Заслуженный мастер спорта. Бронзовый призер чемпионата Европы по автокроссу 2004 и 2005 годов.