Николай Юрьевич родился 16 апреля 1964 года в Подольске. Его мама учитель, отец – инженер. Исторически семья проживала в Московской области. Учился в школе № 17 города Подольска. В детстве занимался беговыми лыжами, ходил в спортивные походы.
Любовь к медицине Николаю Иванникову привила бабушка, которая во время Великой Отечественной войны на фронте была врачом.
В 1987 году окончил Российский Национальный Исследовательский Университет им. Н.И.Пирогова. Является кандидатом медицинских наук, профессором кафедры акушерства и гинекологии лечебного факультета родного вуза.
В городской клинической больнице № 72 города Москвы прошел путь от врача до заведующего отделением.
Возглавлял родильный дом №1 города Москвы и вывел его в лидеры по количеству родов и организации новых отделений и служб.