Михаил Юрьевич Ведерников родился 7 марта 1975 года в городе Выборге Ленинградской области.
В 1998 году окончил Северо-Западную академию государственной службы Российской академии государственной службы при президенте РФ (ныне — Северо-Западный институт управления Российской академии государственной службы и народного хозяйства при президенте РФ) по специальности «Государственное и муниципальное управление».
В 1993 году работал опиловщиком деталей на заводе «Электроинструмент» (Выборг).
С 1996 по 1997 годы — вахтер-контролер АОЗТ «Сервистур» (Выборг).
В 2000 году вступил в партию «Единство» (с 2003 года — «Единая Россия»). С того же года был первым заместителем председателя регионального отделения Общероссийского общественного движения «Молодежное Единство» Ленинградской области (молодежная организация при партии; прекратила существование в 2005 году).
В начале 2000-х годов был генеральным директором салона красоты «Гарант» и, по данным «СПАРК-Интерфакс», оставался его совладельцем до 2009 года.
До 2001 года был директором и совладельцем фирмы «Термостат» (специализировалась в сфере оптовой торговли).
В 2001-2005 годах — депутат муниципального собрания Выборгского района Ленинградской области.
С октября 2005 по октябрь 2009 года — депутат городского совета Выборга.
Одновременно с исполнением депутатских полномочий в 2003-2009 годах был директором и совладельцем туристического агентства «Балтик тур» в Выборге.
С 2006 по 2010 годы — председатель Общественной молодежной палаты при Законодательном собрании Ленинградской области.
В 2007-2010 годах — заместитель, затем первый заместитель руководителя регионального исполкома Ленинградского областного регионального отделения партии «Единая Россия».
В 2010 году переехал в Москву.
В 2010-2017 годах работал в Администрации президента РФ. С марта 2010 года Ведерников был советником департамента региональной политики Управления президента РФ по внутренней политике, с февраля 2012 года — начальником департамента по работе с регионами Южного и Северо-Кавказского федеральных округов того же управления.
В декабре 2012 года был назначен заместителем полномочного представителя президента РФ в Северо-Кавказском федеральном округе Александра Хлопонина. С мая 2014 по июль 2016 года — заместителем полпреда в СКФО Сергея Меликова, с июля 2016 по февраль 2017 года — Олега Белавенцева.
С февраля 2017 года занимал должность заместителя полномочного представителя президента РФ в Северо-Западном федеральном округе Николая Цуканова (курировал Калининградскую область).
12 октября 2017 года был назначен врио губернатора Псковской области.
9 сентября 2018 года был избран губернатором Псковской области.
В сентябре 2023 года был избран главой Псковской области.
Действительный государственный советник РФ II класса (2013).
По сведениям сайта СЗФО, Ведерников отмечен почетной грамотой и благодарностью президента РФ.
Женат, имеет двух дочерей и сына.
В декабре 2022 года в эфире радио «ПЛН FM» Ведерников заявил о намерении баллотироваться на выборах губернатора Псковской области. В июле 2023 года был зарегистрирован кандидатом.