Родился 23 декабря 1963 года в городе Охе (Сахалинская область).
Поступил в Ейское высшее военное авиационное училище летчиков, однако был комиссован «по состоянию здоровья» после третьего курса. Окончил Киевский государственный институт физической культуры и Академию государственной службы при президенте РФ.
В 1999 году в МГУ им. М. В. Ломоносова защитил диссертацию на тему «Социально-экономические проблемы государственного регулирования деятельности предприятий в переходный период». Является кандидатом экономических наук.
В 1990-х годах — директор лаборатории методологии гуманитарных исследований, заведовал отделением конфликтологии философского факультета Санкт-Петербургского государственного университета.
С 1992 по 1997 годы возглавлял Центр экспертизы Минимущества России по Северо-Западному округу.
С 1997 по 1998 годы — председатель совета директоров Транспортной клиринговой палаты.
С 1998 года работал в структуре государственного унитарного предприятия «Главное агентство воздушных сообщений гражданской авиации», занимал должности управляющего и гендиректора. В 2003 году — директор по экономике ООО «Галис Терминал».
В 2003 и 2007 годах избирался депутатом Госдумы IV и V созывов по партийным спискам ЛДПР.
В 2011 году Шайхутдинов возглавил штаб партии «Правое дело», лидером которой являлся Михаил Прохоров. Партия набрала 0,6% голосов и не прошла в парламент.
В 2012 году был избран в состав высшего руководства «Гражданской платформы» (основатель — Михаил Прохоров), а в 2014 стал председателем федерального политического комитета партии.
В 2015 году по инициативе Прохорова был отстранен от руководства партией из-за участия в шествии движения «Антимайдан». Вновь занял пост председателя после выхода Прохорова из партии.
В 2016 году Шайхутдинов избран депутатом Госдумы VII созыва по Нефтекамскому одномандатному избирательному округу № 6. Не стал вступать ни в одну из думских фракций.
В 2021 году баллотировался в депутаты Госдумы VIII созыва в том же избирательном округе. В парламенте вступил во фракцию ЛДПР.
Имеет благодарность правительства РФ (2019).
Женат, имеет шестерых детей.