Родился 3 июня 1985 года в городе Саратове.
В 2002 году окончил среднюю общеобразовательную школу, в 2007 году — Саратовскую государственную юридическую академию по специальности «Юриспруденция» с присвоением квалификации «Юрист».
Трудовую деятельность начал в 2006 году в качестве юриста в ООО «Поле чудес». С 2010 года являлся директором компании ООО «ХимИнвест», которая занималась оптовыми продажами химической продукции. Также Бондаренко был владельцем ООО «Управляющая компания «Красная»».
В 2009 году вступил в КПРФ. До своего избрания депутатом областной думы являлся первым секретарём Фрунзенского районного комитета КПРФ.
В сентябре 2017 года был избран депутатом Саратовской областной думы шестого созыва (по Октябрьскому одномандатному избирательному округу № 4).
В марте 2020 года был выдвинут фракцией КПРФ в качестве кандидата в члены Совета Федерации от Саратовской областной думы в связи с досрочным прекращением полномочий Людмилы Боковой, но не был избран, получив 6 голосов против 25 у представителя «Единой России» Олега Алексеева.
22 апреля 2020 года большинством голосов был исключен из состава мандатной комиссии Думы. Руководитель мандатной комиссии Николай Бушуев (ЕР) подчеркнул, что Бондаренко неоднократно нарушал положение, запрещающее видео- и аудиофиксацию её заседаний.
На первом этапе XVIII съезда КПРФ в апреле 2021 года был избран кандидатом в члены Центрального Комитета КПРФ.
На парламентских выборах в 2021 году получил поддержку со стороны «Умного голосования» Алексея Навального как «кандидат, имеющий больше всего шансов победить единоросса в своём одномандатном округе», но, согласно результатам, с двукратным отставанием (67 352 голосов против 121 326) проиграл кандидату от «Единой России» А. В. Воробьёву.
24 июля 2021 года ЦИК РФ утвердила избирательный список КПРФ. Бондаренко были инкриминировали распространение экстремистских материалов, участие в деятельности экстремистских организаций, связи с криминальным миром.
28 февраля 2022 года на 81-м заседании Саратовской областной думы было принято решение о досрочном прекращении депутатских полномочий Николая Бондаренко, по официальной версии, в результате нарушений федерального и регионального антикоррупционного законодательства, связанных с получением денег с видеохостинга YouTube, полученных при использовании Николаем его депутатского статуса.
27 июля 2022 года подал документы для участия в выборах в Саратовскую областную думу VII созыва по Заводскому одномандатному округу №4. От «Единой России» по этому округу был выдвинут действующий мэр Саратова Михаил Исаев Согласно официальным результатам, со значительным отставанием (3413 голосов против 10571) проиграл Исаеву.
В января 2023 года в СМИ Бондаренко называли одним из кандидатов на пост губернатора Алтайского края, а также кандидатом в губернаторы Псковской области.
Женат, есть сын.
Депутат гордумы Саратова Дмитрий Сорокин в ходе интервью «России 24» рассказал, что коммерческая фирма депутата Николая Бондаренко, компания «Химинвест», имела «признаки отмывочной компании».
В открытых источниках есть информация о попытке Бондаренко войти в предвыборный сговор со сторонниками осужденного Алексея Навального — за поддержку депутат предложил им миллион рублей.
Возможно выдвижение в кандидаты на выборах Президента Российской Федерации в 2024 году.