Родился 18 октября 1982 года в поселке Рябинино Чердынского района Пермской области.
В 2004-м окончил Пермский государственный университет по специальности «юриспруденция». Затем Махонин работал специалистом первой категории в отделе административно-хозяйственного обеспечения и работы с корреспонденцией Управления Федеральной антимонопольной службы по Пермскому краю.
С 2004-го в течение 4 лет был юристом в одном из промышленных предприятий Пермского края. Затем год занимал должность замруководителя Управления ФАС России по Пермскому краю.
В 2009-м он был назначен руководителем УФАС России по Пермскому краю.
В январе 2013 года Махонина назначили начальником управления контроля топливно-энергетического комплекса ФАС России.
В сентябре 2016-го Махонин участвовал в выборах депутатов в Государственную думу РФ по списку партии «Яблоко», но в думу не прошел.
В феврале 2020 года президент Владимир Путин назначил Махонина врио губернатора Пермского края. В сентябре 2020-го он был избран губернатором Пермского края, баллотировался как самовыдвиженец.
Осенью 2021 года он баллотировался на выборах депутатов Госдумы РФ, а также в Законодательное Собрание Пермского края от партии «Единая Россия». В обоих случаях Махонин был избран, но отказался от мандата.
В свое время Махонин был членом правления региональной общественной организации «Пермское землячество».
Государственный советник РФ I класса. Имеет награды — медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, благодарность президента РФ.
Состоит в браке, воспитывает четверых детей.