Родился в селе Сайраново Ишимбайского района Республики Башкортостан.
В 1981—1982 годах работал учеником фрезеровщика Ишимбайского завода транспортного машиностроения.
В 1982—1984 годах — проходил военную службу.
В 1984—1989 годах — студент юридического факультета Башкирского государственного университета.
В 1994—1998 гг. — старший преподаватель юридического факультета Башкирского государственного университета.
В 1998—2002 годах — заместитель декана юридического факультета Башкирского государственного университета, доцент.
В 2002—2003 годах — исполняющий обязанности директора, директор Института права Башкирского государственного университета.
В сентябре 2003 года Хабиров возглавил Администрацию президента Республики Башкортостан Муртазы Рахимова, сменив Ильдара Гимаева, ушедшего с поста по состоянию здоровья. В июле 2008 года покинул должность.
С 27 августа 2008-го по декабрь 2008 года — директор Департамента по взаимодействию с Федеральным Собранием Российской Федерации и политическими партиями Управления администрации Президента Российской Федерации по внутренней политике.
С 2009 по сентябрь 2016 года — заместитель начальника Управления Президента РФ по внутренней политике.
С 25 января по 28 марта 2017 Хабиров — временно исполняющий полномочия главы городского округа Красногорск Московской области.
С 28 марта 2017-го по 11 октября 2018-го — глава городского округа Красногорск Московской области.
С 11 октября 2018 года временно исполняющий обязанности главы Башкортостана. В сентябре 2019 года был избран главой региона.
С 27 января по 21 декабря 2020 — член президиума Государственного Совета Российской Федерации.