Окончил Алтайский государственный университет, специальность «История». Год окончания – 1990.
Кандидат исторических наук. Северо-Западная академия государственной службы, специальность «Исторические науки и археология», тема диссертации: История становления политической системы России в 1990-е годы. Год окончания – 2001.
В 1990 работал преподавателем в Алтайском государственном университете (кафедра всеобщей истории).
С октября 1991 г. по январь 1994 г. — заместитель Главы администрации Алтайского края.
С 1993 по 1995 гг. — депутат Государственной Думы первого созыва Федерального Собрания Российской Федерации. Председатель подкомитета по вопросам государственной власти субъектов Федерации Комитета Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации по делам федерации и региональной политике, член депутатской фракции блока «Выбор России».
С декабря 1995 г. — депутат Государственной Думы второго созыва Федерального Собрания РФ.
С 1996 по 1997 гг. — заместитель председателя Комитета Госдумы по делам Федерации и региональной политике.
С января 1996 г. по сентябрь 1997 г. — заместитель председателя парламентской фракции «Наш дом — Россия».
С сентября 1997 г. — первый заместитель председателя Государственной Думы Федерального Собрания РФ.
19 декабря 1999 года избран депутатом Государственной Думы ФС РФ третьего созыва в одномандатном избирательном округе 34 (Барнаульский). Входил также в состав федерального избирательного списка объединения «Наш дом — Россия», который не сумел преодолеть пятипроцентного барьера. В Госдуме вошел в состав фракции «Единство».
4 июля 2000 года исключен из состава фракции.
С ноября 2006 года — член Политического совещания коалиции «Другая Россия». 16 декабря 2006 года участвовал в «Марше несогласных» в Москве.
В 2007 году вышел из «Другой России» и отказался от участия 7-8 июля 2007 года в её II конференции.
Начал работать в НИУ ВШЭ в 2008 году. Профессор Департамента международных отношений.
В сентябре 2010 года Владимир Рыжков вместе с Борисом Немцовым, Михаилом Касьяновым и Владимиром Миловым возглавил коалицию «За Россию без произвола и коррупции», которая в декабре того же года была преобразована в Партию народной свободы «За Россию без произвола и коррупции».
В сентябре 2010 года вошёл также в оргкомитет движения «Россия, Вперед!» (лидер — Геннадий Гудков), избран в политсовет движения.
Автор книг «Четвертая республика», «Дарованная демократия», «Осторожно, история» (в 2-х томах, совместно с В. Дымарским).
С 2020 года член Общественной палаты Москвы.
